Злые колдуны Шан Цунг и Кван Чи множество раз пытались победить Райдена и его воинов, однако, все их попытки потерпели поражение. И тогда два могущественных чародея решили объединить свои силы, образовав Смертельный Альянс, чтобы раз и навсегда уничтожить последних защитников и таким образом получить бессмертные. Выживает ли человечество после этой битвы – решать вам.

Игра использует усовершенствованный движок Mortal Kombat:

Deadly Alliance.
Абсолютно новый игровой движок.
24 персонажа + босс Онага.
2 разновидности добиваний: традиционные Fatality и новое Hara-Kiri (самоубийство).
Более 20 полностью интерактивных арен для битв.
Обновлённый режим Konquest теперь представляет из себя смесь разных жанров: экшен, RPG, файтинг.
2 мини-игры Chess Kombat и Puzzle Kombat.